Se realiza con anestesia local y comienza con un aislamiento absoluto, para impedir la contaminación de saliva, limpiamos la cavidad hasta llegar a la cámara pulpar donde ubicamos los conductos radiculares y donde se inicia el proceso de desinfección y limpieza de todas las bacterias, hasta que los rellenamos con un material biocompatible que produce un sellado hermético en la entrada de cada uno.
Por último, se hace la restauración definitiva, que dependerá de la cantidad de tejido que quede (desde una reconstrucción, una incrustación o una corona, devolviendo la función a la pieza.

Cuando, a pesar de haber realizado la endodoncia, sigue habiendo dolor y la causa es una infección, se vuele a realizar la endodoncia, mejorando la obturación de los canales radiculares. Si, a pesar de estos intentos, vuelve a doler o hay fractura de la estructura dentaria, se opta por la extracción.